由于HCV基因序列存在高度变异性,丙肝疫苗的研制面临很多的挑战:①HCV RNA和病毒蛋白变异性很大,有6种基因型及50多种基因亚型,因而,研制一种可望全球通用的丙肝疫苗十分困难。②HCV准种的存在,是丙肝疫苗研制的又一障碍,即感染人体的HCV为一群不同的HCV株,且在体内极易发生突变,尤其是在HVR1区,这就使变异的HCV株可能逃避疫苗已建立的保护性免疫监视,这些准种的性质及复杂性也影响预防和治疗的成功率。深入的系统进化分析可将HCV分成至少6个主要的基因型和至少70个不同的亚型。其中基因型1、2、3型在我国分布最广。大多数HCV感染者都有抗HCV核心蛋白、NS3和NS4的抗体,但是这些抗体的中和作用不明显,并且感染了HCV后抗-HCV阳性的黑猩猩受到同源或异源HCV株攻击后,仍可再次发病。临床也发现丙型肝炎可以多次复发。③缺乏易获的合适的HCV培养系统及HCV感染动物模型。目前,黑猩猩是HCV感染的唯一动物实验模型,但黑猩猩价格昂贵,数目少,且属频危动物。另外,黑猩猩感染HCV后其转归也不完全与人类相同。研究发现,自然感染HCV后痊愈的黑猩猩仍能再次感染同型HCV,提示HCV的自然感染仍不能诱导保护性免疫。④HCV致病的免疫学机制尚未完全澄清,保护性表位亦未得到确认,以上这些都严重限制了HCV疫苗的研发。
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